La réglementation relative aux espèces protégées connait une certaine actualité liée au contentieux relatif à la construction d’une autoroute.
1. Quel est le contexte juridique ?
Issue de la transposition de directives européennes, le code de l’environnement interdit de détruire, de dégrader ou de perturber les habitats naturels, les espèces protégés, animales (œuf, capture, détention) ou végétales (cueillette, coupe, mise en vente), en raison de leur intérêt scientifique, de leur rôle essentiel dans l’écosystème ou la préservation du patrimoine naturel
Ce sont les articles L.411-1 et suivants du Code de l’environnement :
Au niveau national, des arrêtes du Ministre de l’environnement fixent la liste des espèces concernées par la protection légale.
Pour les mammifères
https://www.legifrance.gouv.fr/loda/id/JORFTEXT000000649682/2025-04-01/
Pour les oiseaux:
https://www.legifrance.gouv.fr/loda/id/JORFTEXT000021384277/2025-04-01/
Pour les amphibiens et les reptiles :
https://www.legifrance.gouv.fr/loda/id/JORFTEXT000043113964/?isSuggest=true
Pour les espèces végétales:
https://www.legifrance.gouv.fr/loda/id/JORFTEXT000000865328/2025-04-01/
Ce régime de protection légale prévoit cependant la possibilité de solliciter une dérogation lorsque la réalisation d’un projet est de nature à porter atteinte à certaines espèces.
2. Dans quel cas faut-il prévoir de solliciter une dérogation ?
Précisons que lorsque le projet est soumis à la procédure d’autorisation environnementale (article L.181-1 du code de l’environnement), cette autorisation intègre notamment la procédure de dérogation « espèces protégés ». Une seule demande d’autorisation est donc déposée dans ce cas.
C’est au responsable du projet d’effectuer un examen des atteintes dès que des spécimens d’espèces protégées sont présents dans la zone.
Par exemple, le risque d’atteinte peut être lié aux pales d’éoliennes pour les oiseaux, à l’assèchement d’une zone humide par un aménagement pour les amphibiens et poissons, au défrichement d’une parcelle pour construction ou l’arrachage des haies pour les insectes et oiseaux, à la destruction d’une prairie pour les espèces végétales, etc.
L’étude faunistique réalisée sur le terrain et les mesures prévues pour éviter de porter atteinte aux spécimens protégés et pour réduire ces atteintes constituent donc le socle de la demande de dérogation.
Le Conseil d’Etat, qui est la plus haute juridiction administrative, considère qu’une dérogation doit être demandée et obtenue lorsque le projet comporte un risque « suffisamment caractérisé » pour les espèces protégées.
Pour apprécier ce risque, il faut prendre en compte les mesures d’évitement et de réduction des atteintes portées aux espèces protégées proposées par le pétitionnaire.
De ce fait, la dérogation « espèce protégée » n’a pas à être sollicitée lorsque les mesures d’évitement et de réduction proposées présentent des garanties d’effectivité qui permettent de diminuer le risque pour les espèces sous le seuil de suffisamment caractérisé.
L’Administration en charge de l’instruction de ces demandes doit appréciée si le risque est ou non suffisamment caractérisé.
3. Quelles sont les conditions posées par la Loi ?
La délivrance d’une dérogation à l’interdiction de porter atteinte aux espèces protégées doit répondre aux conditions fixées la Loi, à savoir démontrer :
- qu'il n'existe pas d'autre solution satisfaisante (solution alternative)
- que la dérogation ne nuit pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle
- notamment dans l'intérêt de la santé et de la sécurité publiques ou pour d'autres raisons impératives d'intérêt public majeur, y compris de nature sociale ou économique, et pour des motifs qui comporteraient des conséquences bénéfiques primordiales pour l'environnement
Cette notion « raison impérative d'intérêt public majeur » est au centre de l’actualité en droit de l'environnement.
La « raison impérative d'intérêt public majeur » (RIIPM) ne doit pas être confondue avec d’autres notions comme l’intérêt général (par exemple une DUP) ou la déclaration d’intérêt général ou encore une opération d’intérêt national.
La jurisprudence récente fournit des illustrations d'application de cette notion.
- En avril 2024, le Conseil d’Etat a annulé l’autorisation d’un parc éolien portant dérogation (81 espèces d’oiseaux, 23 de chiroptères, 4 d’amphibiens, 7 de reptiles), au motif qu’il n’apporte qu’une contribution modeste à la politique énergétique nationale de développement des énergies renouvelables, dans un département qui ne souffre d’aucune fragilité d’approvisionnement électrique et qui compte déjà un grand nombre de parcs éoliens.
https://conseil-etat.fr/fr/arianeweb/CE/decision/2024-04-18/471141
- En janvier 2025, le Conseil d’Etat a considéré qu’un projet de construction de 60 logements locatifs sociaux et 18 logements en accession sociale peut répondre à une raison impérative d’intérêt public majeur (capture et la destruction de salamandres tachetées)
https://www.conseil-etat.fr/fr/arianeweb/CE/decision/2025-01-29/489718
- En février 2025, en première instance, le Tribunal administratif de Toulouse a annulé le projets d’autoroute A69 en estimant qu’il ne répond pas à une raison impérative d’intérêt public majeur car les bénéfices économiques, sociaux et de sécurité publique sont trop limités.
En présence d’un tel intérêt, le projet ne peut cependant être autorisé, eu égard aux atteintes portées aux espèces protégées appréciées à l’aune des mesures de réduction et de compensation prévues, que si :
- il n’existe pas d’autre solution satisfaisante
- cette dérogation ne nuit pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle.
4. Une procédure particulière pour certains grands projets
La Loi du 23 octobre 2023, dite Industrie verte, a prévu une procédure exceptionnelle pour les projets industriels d’intérêt national majeur pour la transition écologique ou la souveraineté nationale.
La raison impérative d’intérêt public majeur est reconnue en amont par un Décret, et non dans le cadre de l’autorisation du projet.
Par exemple :
Une usine de production de minerai de fer réduit et d'hydrogène à Fos-sur-Mer
https://www.legifrance.gouv.fr/jorf/id/JORFTEXT000049880736
Une usine de production de panneaux photovoltaïques à Fos-sur-Mer
https://www.legifrance.gouv.fr/jorf/id/JORFTEXT000049889829
Ce dispositif a été reconnu conforme à la Constitution par le Conseil Constitutionnel dans une décision du 5 mars 2025.
Les juges ont précisé que cela n’a ni pour objet, ni pour effet de modifier les conditions de fond de la délivrance d’une dérogation « espèces protégées ». Le projet doit toujours démontrer l’absence d’autre solution satisfaisante et que la dérogation ne nuit pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle).
Sont également réputés répondre à une raison impérative d'intérêt public majeur pour certains
projets d'installations de production d'énergies renouvelables ou de stockage d'énergie dans le système électrique.
- les projets de réalisation d'un réacteur électronucléaire ou d'installation d'entreposage de combustibles nucléaires, au sens du décret n° 2023-1366 du 28 décembre 2023
https://www.legifrance.gouv.fr/jorf/id/JORFTEXT000048729835
Chaque projet nécessitera une analyse précise, à la fois environnementale et juridique.
Romain LEMAIRE
31.03.2025
